В момента БДЖ има 150 млн. лв. просрочени дългове. През 2013 г. задълженията на холдинга намаляха с около 80 млн. лв. В края на май 2013 г. БДЖ са имали 20 млн. лв. загуби, като общо задълженията са били 707 млн. лв. към различни кредитни институции. Тогава транспортният министър Данаил Папазов обяви, че срочно се подготвя преструктурирането на дълговете на БДЖ АД. Последно от Холдинга са изплатили 66 млн. лв. по главницата на просрочени заеми, като диалогът с кредиторите беше възстановен.