Съгласно Правилника за дейността на Бургаския свободен университет бяха избрани и деканите на центрове. За декан на Центъра по икономически и управленски науки беше избран проф. д-р Петко Чобанов, за декан на Центъра по юридически науки - доц. д-р Момяна Гунева, за декан на Центъра по хуманитарни науки - доц. д-р Евелина Динева и за декан на Центъра по информатика, технически и природни науки - проф. д-р Димитър Юдов.
Избрани бяха и съставите на учебно-научните съвети на центровете. В момента продължават изборните процедури за състави на програмните съвети към центровете.