След това започва работа като журналист в София и в изданията, в които работи, се занимава с икономическа тематика. 26-годишен издава първата си книга с художествена документалистика. През 1989 г. започва частен бизнес.
Шарлопов се занимава със стокови и финансови операции до 1993 г. През 1995 г. създава "Роял Фуудс" АД - компания за производство на трайни пакетирани сладкиши с фабрика в Елин Пелин. Освен на четирите индустриални предприятия, Стефан Шарлопов повече от 10 години е мажоритарен собственик и председател на Съвета на директорите на фирмата за бутилиране на минерална вода "Девин" АД, "Санел" АД, "Роял Стоун" АД, "Роял Инвестмънт" ООД, "Роял Холидей" ЕАД и др.
55-годишният Стефан Шарлопов е един от учредителите на Национално движение "Българско наследство". Той също така бе председател на Българския съюз по балнеология и СПА и собственик на веригата "Шарлопов хотелс". Един от последните му проекти бе комплекс "Созополис", който е замислен като реплика на стария град Созопол с неговата уникална архитектура и стил. Шарлопов има пет деца, като дъщеря му Ева Шарлопова-Гергинова е изпълнителен директор на "Шарлопов Груп".